Pencernaan dimulai dari mulut atau rongga mulut, dimana pengunyahan terjadi. Ini adalah proses memamah dan memotong gumpalan makanan (bolus) secara mekanis. Pencernaan kimia dimulai ketika kelenjar ludah melepas ludah ke dalam rongga mulut. Ludah kaya akan amilase, enzim yang memotong karbohidrat. Setelah gumpalan makanan cukup terpotong, makanan mulai ditelan. Gumpalan makanan melewati tekak dan masuk ke dalam kerongkongan.
Gerakan peristalsis, kontraksi lapisan otot yang berirama, mendorong gumpalan ke kerongkongan bawah. Gumpalan masuk ke dalam perut lewat katup kerongkongan. Katup biasanya tertutup untuk menghindari isi lambung naik. Secara anatomi lambung dibagi menjadi: cardia, fundus, badan dan antrum. Lubang keluar berotot dari lambung disebut pilorus. Permukaan lumen diselimuti oleh lipatan yang disebut rugae. Gerakan peristaltik terus dilakukan di dalam lambung. Mengocok dan mencampur gumpalan makanan dengan asam klorida, enzim percernaan (pepsin). Stimulasi saraf dan hormon menyebabkan pelepasan pepsin oleh lambung yang mulai pencernaan protein secara kimia. Ini membuat gumpalan makanan mengecil menjadi bahan yang agak cair disebut chyme.
Setelah chyme mencapai kelembutan yang cukup, pilorus terbuka dan chyme secara perlahan dilepas kepada bagian pertama dari usus halus yang disebut duodenum. Gerakan peristaltik terus dilakukan di dalam duodenum. Dalam duodenum, chyme bercampur dengan cairan pankreas dan empedu. Proses pencernaan menyebabkan stimulasi secara syaraf dan hormon terhadap pankreas untuk melepas cairan pankreas. Sel pankreas khusus memproduksi cairan pankreas. Cairan berisi enzim-enzim pencernaan dan bikarbonat. Sebagian besar dari enzim-enzim tersebut adalah amilase yang mencerna karbohidrat, lipase yang mencerna lemak, dan proteus yang mencerna protein.
Ketika sel pankreas melepas cairan pankreas, ia mengalir melalui saluran pankreas yang mengarah ke pankreas utama dan aksesori saluran pankreas. Lalu cairan dilepas ke duodenum lewat papilla besar dan kecil dimana bercampur dengan chyme. Untuk melindungi pankreas, protease dilepas dalam bentuk tidak aktif, dan diaktifkan ketika mencapai duodenum. Bikarbonat dalam cairan menetralkan chyme yang bersifat asam yang membuat lingkungan yang kondusif bagi kerja enzim-enzim pencernaan.
Terletak di atas dan depan pankreas, hati mempunyai banyak peran, termasuk memelihara keseimbangan metabolisme. Hati memelihara keseimbangan ini karena ia menerima aliran darah paling banyak lewat portal sistem vena dari usus besar dan usus kecil. Darah ini berisi nutrisi yang diserap selama pencernaan. Hati memproses nutrisi dan vitamin dan membantu detoksifikasi darah yang melalui portal sistem vena. Peran hati yang lain adalah memproduksi empedu yang berupa cairan yang berisi garam empedu dan zat-zat lain. Garam empedu memadatkan lemak dalam usus kecil. Sel hati atau hepatosit mengeluarkan bagian dari empedu ke kanal empedu kecil yang mengalir ke saluran hati yang lebih besar yang akhirnya akan menggabungkan dari saluran hati kanan dan kiri.
Empedu lalu mengalir ke saluran hati umum dan saluran kista yang mana masuk ke kantong empedu untuk dikumpulkan dan disimpan. Selama pencernaan, kantong empedu mengecil dan mendorong empedu melalui saluran kista dan saluran empedu umum, yang akan bergabung dengan saluran pankreas pada saluran hati-pankreas. Empedu lalu dikosongkan menuju duodenum lewat saluran besar. Empedu bercampur dengan chymes yang membantu mencerna lemak.
Chyme terus bercampur dengan enzim-enzim pencernaan selama ia bergerak lewat duodenum ke jejunum (bagian kedua usus halus). Nutrisi dari makanan tercerna diserap ke dalam aliran darah di jejunum. Gumpalan bergerak melewati jejunum dan mencapai ileum yang mana ada penyerapan nutrisi lagi.
Bagian gumpalan yang tidak terserap keluar dari ileum menuju usus besar melewati katup ileum. Bagian pertama dari usus besar disebut sekum. Fungsi utama usus besar adalah menyerap air dan zat terlarut seperti asam lemak yang membantu memusatkan dan membentuk kotoran. Gumpalan didorong oleh gelombang peristaltik naik ke kolon mendaki, yang melewatkan ke belokan kolon utama yang pertama, lekukan hati. Gumpalan lalu didorong ke kolon yang melintang, lalu menuju ke belokan kolon utama yang kedua, lekukan limpa. Lalu gumpalan turun ke kolon menurun dan ke dalam bagian kolon berbentuk sigma sebelum memasuki dubur. Kotoran masuk dan disimpan di bagian atas dubur. Anus berisi otot katup anus yang tertutup rapat sampai ada sinyal saraf yang membuat dubur melebar, lalu kotoran turun, katup anus melonggar dan kotoran keluar.